Odamız 1954 yılında Sanayi Bakanlığının özel izniyle, Aydın, Muğla, Manisa, Denizli ve Balikesir illerini kapsayarak kurulan "Ege Bölgesi Sanayi Odası" (EBSO) nın bir şubesi olarak kurulmuştur.
Bölge imalat sanayisindeki gelişmeler sonucunda Balikesir 1981 yılında kendi sanayi odasını kurmuştur. Kurulduğu 1981 yılında 11 meslek gurubunda 350 civarında üyesi bulunan Balıkesir Sanayi Odası bugün 20 ilçede 17 meslek gurubunda ki 1032 üyesine hizmet vermektedir.
Odamızın üst karar organı meclistir. Odamızdaki 17 farklı Meslek gurubunun her birinden 2 üyenin 4 yıllık bir dönem için seçilmesiyle 34 üyeden oluşmaktadır. Meclis, Odanın denetim ve karar organıdır. Meclis Başkanı ile temsil edilmektedir. Başkanlık divanında bir başkan vekili ile bir katip üye bulunmaktadır. Ayrıca Meslek Komitelerimiz 17 farklı meslek grubunun her birinden 5 meslek komite üyesi seçilmesiyle ile toplam 85 meslek komite üyesinden oluşmaktadır.
Odanın yürütme organı Yönetim Kurulu'dur. Bu kurulda, 4 yıllığına Meclis üyeleri arasından seçilmiş 1 Başkan ve 8 üye bulunmaktadır. Yönetim kurulumuzda 2 başkan yardımcısı ile 1 sayman üye bulunmaktadır.
Hem Meclis, hem de Yönetim Kurulu, Odanın verimli hizmet verebilmesini sağlamak için geçici veya sürekli, ihtisas komiteleri veya çalışma grupları olarak komisyonlar kurmaktadır.
Odamız, diğer meslek odaları, birlikleri ve dernekleriyle yakin ilişki içindedir. Türkiye Odalar ve Borsalar Birliğinin seçimlerine katılır ve Birlik tarafından yürütülen faaliyet ve hizmetler için işbirliğinde bulunur.